2年時よりAコース（就職希望者向き）とBコース（進学希望者向き）に分かれて、それそれの進路希望に適した教育課程を組んでいる。

あり
基礎学力向上や、検定対象、講習会など取り組みを行っている。

■体育系
弓道、卓球、野球、バドミントン 、バレーボール、ホッケー、陸上競技、
■文化系
インターアクト、英語、吹奏楽、家庭、茶道・華道、書道、情報処理、美術、科学

◆ホッケー部、インターハイ優勝(平成17年度)
９年連続インターハイ出場し、その他輝かしい実績を残している。

4月；入学式、阿蘇菊鹿大会
7月；小国高校フェスティバル
11月；クロスカントリー大会
12月；クラスマッチ、修学旅行
12月；寒稽古
3月；卒業式

小さな学校であることをいかして、受験や各種検定対策、面接や小論文・作文の指導等の個別指導に力を入れて取り組んでいる。
中高一貫教育の取組の一環として、地元の中学生と共に、町内公共トイレの一斉掃除を行っている。
熊本大学との高大連携授業
「親学」の推進

30人
（2008年5月現在）

ALTの先生とのTTのオーラルコミュニケーションの授業では生徒はたくさんの大切な英語表現を学ぶだけでなく、実際の生活の中でどのように使うかもあわせて学びます。文化間でのコミュニケーションはとても大切ですので授業だけでなく放課後の時間を利用し、外国の文化を勉強する時間を設けています。

熊本大学との連携を平成20年度から実施、夏休みに大学生に勉強を習ったり、大学の先生に講演や、授業をしていただく取組を進めている。